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<body lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div style="padding-bottom: 10px; padding-top: 5px;">
<div style="padding:12px; border:1px solid #8D3970; background-color:#F7F9FA; color:#8D3970; font-size:14px; line-height:22px; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;">
<strong>CAUTION:</strong> This e-mail originated outside the University of Southampton.
</div>
</div>
<div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">John,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; That did it! A few more specifics in case someone else has this problem:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">The main issue turned out to be that I hadn’t installed XML::LibXML even though I thought I had. I found that out when I tried your suggestion:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">perl -e 'use XML::LibXML 1.63;' which told me the module wasn’t installed.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">So in Ubuntu I did apt-get install libxml-libxml-perl, which &nbsp;I saw somewhere is recommended over installing by CPAN (don’t remember where). I don’t know whether
 this installed 1.63, but the perl <br>
“use..” statement seemed to be OK.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">After this “epadmin test” had no errors, as did “generate_views. “, and I no longer get the Internal Server error when I go to a new view.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">A little more detail:<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">After looking at XML.pm &nbsp;&nbsp;I see (as you note) that the system will try to use LibXML if $c-&gt;(enable_libxml) does not exist (which it doesn’t in my case). Given that
 I hadn’t installed LibXML properly the &quot;use EPrints::XML::LibXML; 1&quot;; at line 73 will fail and it will default to requiring Eprints::XML::DOM at line 85. (Assuming I remember my perl correctly).<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">I also noted that the $c datastructure comes from SystemSettings:conf, which I believe is written by the installer. So somehow the configure script of the installer
 must have throught I did have LibXML . That’s easily possible because I first installed this in 2019 on CentOS after migrating and upgrading from an earlier Eprints2 installation, then migrated again to Ubuntu. So probably I missed some step in the migration
 process.<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">In any case it seems to work now. I really appreciate your taking the time to help me with this. And after looking at the code more I also appreciate how much effort
 has gone into creating this very nice program.<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">Thanks,<o:p></o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="p1"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">Jim</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:black">From:
</span></b><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:black">John Salter &lt;J.Salter@leeds.ac.uk&gt;<br>
<b>Date: </b>Monday, January 17, 2022 at 2:52 AM<br>
<b>To: </b>Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;, &quot;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&quot; &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;<br>
<b>Subject: </b>RE: Internal server error when refreshing views<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">Hi Jim,<br>
I've had a better look, and this is the block that checks which XML modules to use, and also produces the warning you see:<br>
<a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Feprints%2Feprints3.4%2Fblob%2Fmaster%2Fperl_lib%2FEPrints%2FXML.pm%23L65-L86&amp;data=04%7C01%7Ceprints-tech%40ecs.soton.ac.uk%7Cd1919c83b2a24a2035f208d9d9f09981%7C4a5378f929f44d3ebe89669d03ada9d8%7C0%7C0%7C637780450316028959%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C2000&amp;sdata=MFF1ah64FzUZhfxg8YxhgPJ4C%2Ftb8zGJlqZE%2BUx1Wqo%3D&amp;reserved=0" originalSrc="https://github.com/eprints/eprints3.4/blob/master/perl_lib/EPrints/XML.pm#L65-L86" shash="aaIvtlY5eqEjw96Itfp4EIl8UAXD4j3hhEiG/XqMTPABhuMfmbHbiZtJsDAOS2yv/5d1okw3hqhDmalL0nIPSFz4HQ29A38H/gDl2AMr8yTi7qh7EIKAOTo9NNjGyZjRL6bEgvRKBtjSbPd0no0v4llJ8Hst0m7Nv8KNT03zS30=">https://github.com/eprints/eprints3.4/blob/master/perl_lib/EPrints/XML.pm#L65-L86</a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">The option to select which XML library to use is:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">$c-&gt;{enable_libxml}<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">From the above, EPrints will try to use LibXML if:<br>
$c-&gt;{enable_libxml} *<b>does not</b>* exist<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">$c-&gt;{enable_libxml} exists and is set to 1<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">If either:<br>
- &nbsp;'enable_libxml' is set to 0<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">- the module EPrints::XML::LibXML produces errors<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">then the deprecation warning message is produced.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">So, try grepping for 'enable_libxml' in
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">~/lib/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">~/archives/ARCHIVEID/cfg/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">~/cfg/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">First I would try checking LibXML is happy. Try running these on the commandline (as the EPrints user):<br>
perl -e 'use XML::LibXML 1.63;'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">perl -e 'use XML::LibXML::SAX;'<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">If either of the above lines produce errors or warnings, I'd look at fixing them first.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">Secondly, I'd try grepping for 'enable_libxml' in:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">&nbsp; [EPRINTS_ROOT]/lib/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">&nbsp; [EPRINTS_ROOT]/cfg/<br>
&nbsp; [EPRINTS_ROOT]/archives/[ARCHIVE_ID]/cfg/<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">If it is explicitly disabled, try commenting-out that line, and running:<br>
&nbsp; [EPRINTS_ROOT]/bin/epadmin test<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">To see if things look happy.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">Cheers,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D">John<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #E1E1E1 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif"> John Salter
<br>
<b>Sent:</b> 14 January 2022 20:38<br>
<b>To:</b> Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;; eprints-tech@ecs.soton.ac.uk<br>
<b>Subject:</b> Re: Internal server error when refreshing views<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">Hi Jim,<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">If memory serves me correctly, somewhere* in the EPrints config, there is an option to use either DOM, or LibXML.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">This faint memory ties in with your note about previous upgrades. It seems like your install might not be using LibXML, even though you've added the packages to the server.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">*the 'somewhere' is possibly the crux here. My v3.4 knowledge isn't as ingrained as v3.3, and I'm not at my computer at the moment.<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">If you try grepping for 'DOM' in:<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">~/lib/cfg<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">~/perl_lib/SystemSettings.pl</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">~/cfg/</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">~/archives/ARCHIVE_ID/cfg/</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">do you find any options that say 'use XML::DOM' in some way (although not a literal perl 'use XML::DOM' statement)?</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">Cheers,</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB" style="font-family:&quot;Segoe UI&quot;,sans-serif;color:black;background:white">John</span><span lang="EN-GB"><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="margin-left:.5in;text-align:center">
<span lang="EN-GB">
<hr size="0" width="100%" align="center">
</span></div>
<div id="divRplyFwdMsg">
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:black">From:</span></b><span lang="EN-GB" style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:black"> Jim Brinkley
 &lt;<a href="mailto:brinkley@uw.edu">brinkley@uw.edu</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> 14 January 2022 20:13<br>
<b>To:</b> John Salter &lt;<a href="mailto:J.Salter@leeds.ac.uk">J.Salter@leeds.ac.uk</a>&gt;;
<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a> &lt;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&gt;<br>
<b>Cc:</b> Jim Brinkley &lt;<a href="mailto:brinkley@uw.edu">brinkley@uw.edu</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: Internal server error when refreshing views</span><span lang="EN-GB">
<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.5in"><span lang="EN-GB">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:.5in">PS I just noticed that the error I see in the Apache server log whenever I get the Internal Server Error is exactly the same one I see at the end of the output below.<o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:.5in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:.5in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.0in"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Jim Brinkley &lt;<a href="mailto:brinkley@uw.edu">brinkley@uw.edu</a>&gt;<br>
<b>Date: </b>Friday, January 14, 2022 at 12:07 PM<br>
<b>To: </b>John Salter &lt;<a href="mailto:J.Salter@leeds.ac.uk">J.Salter@leeds.ac.uk</a>&gt;, &quot;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&quot; &lt;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&gt;<br>
<b>Cc: </b>Jim Brinkley &lt;<a href="mailto:brinkley@uw.edu">brinkley@uw.edu</a>&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: Internal server error when refreshing views</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.0in">John,<o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for you quick reply. My guess is the problem is not to do with the specific subject “3-D Reconconstruction” because it occurs for all subjects in my list, including single word subjects,
 such as “MindSeer”. However I just now ran <o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">[EPRINTS_ROOT]/bin/generate_views [ARCHIVE_ID] --view subjects
</span><o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">as you suggested, and got the following output:</span><o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">eprints@synapse:/opt/eprints3$ bin/generate_views sigpubs --view subjects</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">*** DEPRECATION WARNING ***</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">In future versions, EPrints will be standardising to only support the LibXML library for providing XML functionality.</span><span class="xapple-converted-space">&nbsp;
</span><span class="xs1">Please ensure LibXML is installed before upgrading EPrints.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine parse_xml_string redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 119.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine _parse_url redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 144.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine parse_xml redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 164.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine event_parse redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 211.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine _dispose redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 248.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine clone_and_own redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 261.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine document_to_string redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 276.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine make_document redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 286.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Subroutine version redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 295.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Can't use an undefined value as an ARRAY reference at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/XML/DOM/NamedNodeMap.pm line 142.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">I’ve seen something like this everytime I’ve run generate_views. I thought maybe I should update LibXML, so in Ubuntu I did apt install libxml-perl, and similar for some of the other ones in the above
 list. But from the message above it looks like the perl modules in eprints3..perl_lib are redefining existing ones in Ubuntu, so that last error seems to be happening in the version of XML::DOM in eprints3..perl_lib.
</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">I should also say that the last time I moved sigpubs to a new server (around 2019) I upgraded from Eprints 2 to 3, and I think this problem has been happening ever since. I pretty much ignored it until
 now because I didn’t have time to deal with it, and I could always tell people to just refresh the browser, but now I have a bit more time and it would be nice to fix this.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xp1" style="margin-left:1.0in"><span class="xs1">Jim</span><o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">John Salter &lt;<a href="mailto:J.Salter@leeds.ac.uk">J.Salter@leeds.ac.uk</a>&gt;<br>
<b>Date: </b>Friday, January 14, 2022 at 11:27 AM<br>
<b>To: </b>&quot;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&quot; &lt;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&gt;, Jim Brinkley &lt;<a href="mailto:brinkley@uw.edu">brinkley@uw.edu</a>&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: Internal server error when refreshing views</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Hi Jim,<br>
At a guess, this sounds like something that is trying to group records together into a browse view mis-treating the '3-D ...' text - maybe incorrectly normalising it to create the A / B / C ... links at the top of the view page.</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">If you have access to the server, and run:</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">[EPRINTS_ROOT]/bin/generate_views [ARCHIVE_ID] --view subjects</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">does it give any additional warnings/errors?</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Cheers,</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">John</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="font-size:12.0pt;color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<div style="margin-left:.5in">
<div class="MsoNormal" align="center" style="margin-left:.5in;text-align:center">
<span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif">
<hr size="0" width="100%" align="center">
</span></div>
</div>
</div>
<div id="x_divRplyFwdMsg">
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in"><b><span style="color:black">From:</span></b><span style="color:black">
<a href="mailto:eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk</a> &lt;<a href="mailto:eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; on behalf of Jim Brinkley via Eprints-tech &lt;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&gt;<br>
<b>Sent:</b> 14 January 2022 19:02<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a> &lt;<a href="mailto:eprints-tech@ecs.soton.ac.uk">eprints-tech@ecs.soton.ac.uk</a>&gt;<br>
<b>Subject:</b> [EP-tech] Internal server error when refreshing views</span> <o:p>
</o:p></p>
<div>
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div style="border:solid #8D3970 1.0pt;padding:9.0pt 9.0pt 9.0pt 9.0pt">
<p class="xmsonormal" style="margin-left:1.5in;line-height:16.5pt;background:#F7F9FA">
<strong><span style="font-size:10.5pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif;color:#8D3970">CAUTION:</span></strong><span style="font-size:10.5pt;color:#8D3970"> This e-mail originated outside the University of Southampton.
</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in"><span style="color:black">Hi,</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I run an eprints3 site at sigpubs.si.washington.edu. It generally works fine except when a view regenerates I get an internal server error.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">To recreate this issue I can login, go to Admin:System Tools, and then click on Regenerate Views, which as I understand it, causes all views to be regenerated whenever I request them. For example, I can go to &nbsp;menu Browse:Browse by
 Subjects, then click on any of the subjects in my customized subject list, as for example, my first subject, &quot;3-D Reconstruction&quot;. I then get &quot;Internal Server Error&quot;. If I then refresh the browser page the error goes away and the correct view appears. This
 view then remains correct for as long as I've tested it, but I think there may be a timeout when it gets regenerated again.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">I looked in the apache server log and find this error whenever I get the Internal Server Error:</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">Can't use an undefined value as an ARRAY reference at /opt/eprints3/perl_lib/XML/DOM/NamedNodeMap.pm line 142.\n, referer:<span class="xxapple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fsigpubs.si.washington.edu%2Fview%2Fsubjects%2F&amp;data=04%7C01%7Ceprints-tech%40ecs.soton.ac.uk%7Cd1919c83b2a24a2035f208d9d9f09981%7C4a5378f929f44d3ebe89669d03ada9d8%7C0%7C0%7C637780450316028959%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C2000&amp;sdata=%2BCBElaaNP9Gevsug%2F3W%2B7T6MtpmmuPYmaKapv5%2BIROQ%3D&amp;reserved=0" originalSrc="http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/" shash="BHKTCEZLHsIb+YpU2NvJ6XWjHswNnOnYBHPMgv4ylP4bKStddTY3dRPHWxms0Ya5cPYSg56h2tFBvZN6AaxrIrXxByxE1SwTpoje71IWmWgE1P2PrlIATuDlTe0XF58oN9vDA7Q0UCjTJ6rMt61pk/P4QOT10/Ox8mHA9NwzWWc=" title="http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/">http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/</a></span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">I&nbsp; am running what I think is the latest stable version of Eprints: 3.4.3, on Ubuntu 20.04, perl version 5.30, apache2. Apache is running as www-data.www-data. The repository is owned by eprints.eprints, and www-data is in group eprints
 so it can write files to the repository. I don't think permissions are the issue because once I refresh the page the view is OK, and the files in the views directory are changed.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">I've searched the web and this mailing list and can't find this particular situation. Any suggestions? Thanks.</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">Jim Brinkley</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">Structural Informatics Group</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">University of Washington</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">Seattle USA</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in;font-variant-caps:normal;orphans:auto;text-align:start;widows:auto;word-spacing:0px">
<span style="color:black">http//:si.washington.edu</span><o:p></o:p></p>
<p class="xxmsonormal" style="margin-left:1.5in">&nbsp;<o:p></o:p></p>
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