<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
</head>
<body>
<div style="padding-bottom: 10px; padding-top: 5px;">
<div style="padding:12px; border:1px solid #8D3970; background-color:#F7F9FA; color:#8D3970; font-size:14px; line-height:22px; font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif;">
<strong>CAUTION:</strong> This e-mail originated outside the University of Southampton.
</div>
</div>
<div>
<div>Hi Jim,</div>
<div>If memory serves me correctly, somewhere* in the EPrints config, there is an option to use either DOM, or LibXML.</div>
<div>This faint memory ties in with your note about previous upgrades. It seems like your install might not be using LibXML, even though you've added the packages to the server.</div>
<div><br>
</div>
<div>*the 'somewhere' is possibly the crux here. My v3.4 knowledge isn't as ingrained as v3.3, and I'm not at my computer at the moment.</div>
<div><br>
</div>
<div>If you try grepping for 'DOM' in:</div>
<div>~/lib/cfg</div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">~/perl_lib/SystemSettings.pl</span><br>
</div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">~/cfg/</span><br>
</span></div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">~/archives/ARCHIVE_ID/cfg/</span><br>
</span></span></div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">do
 you find any options that say 'use XML::DOM' in some way (although not a literal perl 'use XML::DOM' statement)?</span></span></span></div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><br>
</span></span></span></div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">Cheers,</span></span></span></div>
<div><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important"><span style="font-family: &quot;Segoe UI WestEuropean&quot;, &quot;Segoe UI&quot;, Helvetica, Arial, sans-serif; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important">John</span></span></span></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;<br>
<b>Sent:</b> 14 January 2022 20:13<br>
<b>To:</b> John Salter &lt;J.Salter@leeds.ac.uk&gt;; eprints-tech@ecs.soton.ac.uk &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;<br>
<b>Cc:</b> Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;<br>
<b>Subject:</b> Re: Internal server error when refreshing views</font>
<div>&nbsp;</div>
</div>
<style>
<!--
@font-face
        {font-family:"Cambria Math"}
@font-face
        {font-family:Calibri}
@font-face
        {font-family:Menlo}
p.x_MsoNormal, li.x_MsoNormal, div.x_MsoNormal
        {margin:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif}
a:link, span.x_MsoHyperlink
        {color:#0563C1;
        text-decoration:underline}
p.x_xmsonormal, li.x_xmsonormal, div.x_xmsonormal
        {margin:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif}
p.x_p1, li.x_p1, div.x_p1
        {margin:0in;
        font-size:9.0pt;
        font-family:Menlo;
        color:black}
span.x_xapple-converted-space
        {}
span.x_s1
        {}
span.x_apple-converted-space
        {}
span.x_EmailStyle25
        {font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext}
.x_MsoChpDefault
        {font-size:10.0pt}
@page WordSection1
        {margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in}
div.x_WordSection1
        {}
-->
</style>
<div lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="purple" style="word-wrap:break-word">
<div class="x_WordSection1">
<p class="x_MsoNormal">PS I just noticed that the error I see in the Apache server log whenever I get the Internal Server Error is exactly the same one I see at the end of the output below.</p>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="x_MsoNormal">&nbsp;</p>
<div style="border:none; border-top:solid #B5C4DF 1.0pt; padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:.5in"><b><span style="font-size:12.0pt; color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt; color:black">Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;<br>
<b>Date: </b>Friday, January 14, 2022 at 12:07 PM<br>
<b>To: </b>John Salter &lt;J.Salter@leeds.ac.uk&gt;, &quot;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&quot; &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;<br>
<b>Cc: </b>Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: Internal server error when refreshing views</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:.5in">&nbsp;</p>
</div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:.5in">John,</p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for you quick reply. My guess is the problem is not to do with the specific subject “3-D Reconconstruction” because it occurs for all subjects in my list, including single word subjects,
 such as “MindSeer”. However I just now ran </p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">[EPRINTS_ROOT]/bin/generate_views [ARCHIVE_ID] --view subjects
</span></p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">as you suggested, and got the following output:</span></p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">eprints@synapse:/opt/eprints3$ bin/generate_views sigpubs --view subjects</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">*** DEPRECATION WARNING ***</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">In future versions, EPrints will be standardising to only support the LibXML library for providing XML functionality.</span><span class="x_apple-converted-space">&nbsp;
</span><span class="x_s1">Please ensure LibXML is installed before upgrading EPrints.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine parse_xml_string redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 119.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine _parse_url redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 144.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine parse_xml redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 164.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine event_parse redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 211.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine _dispose redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 248.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine clone_and_own redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 261.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine document_to_string redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 276.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine make_document redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 286.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Subroutine version redefined at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/XML/DOM.pm line 295.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Can't use an undefined value as an ARRAY reference at /opt/eprints3/bin/../perl_lib/XML/DOM/NamedNodeMap.pm line 142.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">&nbsp;</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">I’ve seen something like this everytime I’ve run generate_views. I thought maybe I should update LibXML, so in Ubuntu I did apt install libxml-perl, and similar for some of the other ones in the above
 list. But from the message above it looks like the perl modules in eprints3..perl_lib are redefining existing ones in Ubuntu, so that last error seems to be happening in the version of XML::DOM in eprints3..perl_lib.
</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">&nbsp;</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">I should also say that the last time I moved sigpubs to a new server (around 2019) I upgraded from Eprints 2 to 3, and I think this problem has been happening ever since. I pretty much ignored it until
 now because I didn’t have time to deal with it, and I could always tell people to just refresh the browser, but now I have a bit more time and it would be nice to fix this.</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">&nbsp;</span></p>
<p class="x_p1" style="margin-left:.5in"><span class="x_s1">Jim</span></p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:.5in">&nbsp;</p>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:.5in">&nbsp;</p>
<div style="border:none; border-top:solid #B5C4DF 1.0pt; padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><b><span style="font-size:12.0pt; color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt; color:black">John Salter &lt;J.Salter@leeds.ac.uk&gt;<br>
<b>Date: </b>Friday, January 14, 2022 at 11:27 AM<br>
<b>To: </b>&quot;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&quot; &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;, Jim Brinkley &lt;brinkley@uw.edu&gt;<br>
<b>Subject: </b>Re: Internal server error when refreshing views</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;</p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">Hi Jim,<br>
At a guess, this sounds like something that is trying to group records together into a browse view mis-treating the '3-D ...' text - maybe incorrectly normalising it to create the A / B / C ... links at the top of the view page.</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">&nbsp;</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">If you have access to the server, and run:</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">[EPRINTS_ROOT]/bin/generate_views [ARCHIVE_ID] --view subjects</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">does it give any additional warnings/errors?</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">&nbsp;</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">Cheers,</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">John</span></p>
</div>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><span style="font-size:12.0pt; color:black">&nbsp;</span></p>
</div>
<div style="margin-left:.5in">
<div class="x_MsoNormal" align="center" style="margin-left:.5in; text-align:center">
<hr size="0" width="100%" align="center">
</div>
</div>
<div id="x_divRplyFwdMsg">
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in"><b><span style="color:black">From:</span></b><span style="color:black"> eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk &lt;eprints-tech-bounces@ecs.soton.ac.uk&gt; on behalf of Jim Brinkley via Eprints-tech &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;<br>
<b>Sent:</b> 14 January 2022 19:02<br>
<b>To:</b> eprints-tech@ecs.soton.ac.uk &lt;eprints-tech@ecs.soton.ac.uk&gt;<br>
<b>Subject:</b> [EP-tech] Internal server error when refreshing views</span> </p>
<div>
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;</p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div style="border:solid #8D3970 1.0pt; padding:9.0pt 9.0pt 9.0pt 9.0pt">
<p class="x_MsoNormal" style="margin-left:1.0in; line-height:16.5pt; background:#F7F9FA">
<strong><span style="font-size:10.5pt; font-family:&quot;Calibri&quot;,sans-serif; color:#8D3970">CAUTION:</span></strong><span style="font-size:10.5pt; color:#8D3970"> This e-mail originated outside the University of Southampton.
</span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in"><span style="color:black">Hi,</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I run an eprints3 site at sigpubs.si.washington.edu. It generally works fine except when a view regenerates I get an internal server error.</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">To recreate this issue I can login, go to Admin:System Tools, and then click on Regenerate Views, which as I understand it, causes all views to be regenerated whenever I request them. For example, I can go to &nbsp;menu Browse:Browse by
 Subjects, then click on any of the subjects in my customized subject list, as for example, my first subject, &quot;3-D Reconstruction&quot;. I then get &quot;Internal Server Error&quot;. If I then refresh the browser page the error goes away and the correct view appears. This
 view then remains correct for as long as I've tested it, but I think there may be a timeout when it gets regenerated again.</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">I looked in the apache server log and find this error whenever I get the Internal Server Error:</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">Can't use an undefined value as an ARRAY reference at /opt/eprints3/perl_lib/XML/DOM/NamedNodeMap.pm line 142.\n, referer:<span class="x_xapple-converted-space">&nbsp;</span><a href="https://eur03.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Fsigpubs.si.washington.edu%2Fview%2Fsubjects%2F&amp;data=04%7C01%7Ceprints-tech%40ecs.soton.ac.uk%7C2a133d336d98422893fb08d9d79dd332%7C4a5378f929f44d3ebe89669d03ada9d8%7C0%7C0%7C637777895611032701%7CUnknown%7CTWFpbGZsb3d8eyJWIjoiMC4wLjAwMDAiLCJQIjoiV2luMzIiLCJBTiI6Ik1haWwiLCJXVCI6Mn0%3D%7C1000&amp;sdata=QuYUIDOXNucUfo3NE%2BrEEImW6GFeyvhsHZamRxuex%2F8%3D&amp;reserved=0" originalSrc="http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/" shash="t/8+dKJFfWrQBLp7pIV18MwJaBsmew+7h298kVFt+BZBGfBFKCU5qFLfd3VTqz21bkS9OvCrNC6JpkrFnuOQCyy7witpWiYEIPv/HyTgXJ8I9obISL7gL31n8UprUhwgx3XJKseNYA0chEmOyvNwUQILjIDPJwHpKXrIJsa3Llo=" title="http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/">http://sigpubs.si.washington.edu/view/subjects/</a></span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">I&nbsp; am running what I think is the latest stable version of Eprints: 3.4.3, on Ubuntu 20.04, perl version 5.30, apache2. Apache is running as www-data.www-data. The repository is owned by eprints.eprints, and www-data is in group eprints
 so it can write files to the repository. I don't think permissions are the issue because once I refresh the page the view is OK, and the files in the views directory are changed.</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">I've searched the web and this mailing list and can't find this particular situation. Any suggestions? Thanks.</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">&nbsp;</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">Jim Brinkley</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">Structural Informatics Group</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">University of Washington</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">Seattle USA</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in; font-variant-caps:normal; orphans:auto; text-align:start; widows:auto; word-spacing:0px">
<span style="color:black">http//:si.washington.edu</span></p>
<p class="x_xmsonormal" style="margin-left:1.0in">&nbsp;</p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>