<p>Only that command without options? I will see your video.<br>
But if there&#39;s an error, please you can give us step by step to remove the item using mysql query. Because I don&#39;t want accindently erase another item.</p>
<p>Regards,<br>
Agung.</p>
<div class="gmail_quote">On Oct 26, 2015 5:52 PM, &quot;Field A.N.&quot; &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
epadmin reindex<br>
<br>
...is the command (it&#39;s demoed in the search troubleshooting video at <a href="http://wiki.eprints.org/w/Training_Video:Search_Troubleshooting" rel="noreferrer" target="_blank">http://wiki.eprints.org/w/Training_Video:Search_Troubleshooting</a> ), but if there are issues it might not be working properly.  If you don&#39;t have luck with that, you might need to remove them (carefully) using a mysql query.<br>
<br>
--<br>
Adam Field<br>
Business Relationship Manager and Community Lead<br>
EPrints Services<br>
<a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 26 Oct 2015, at 06:08, Ajunk Pracetio wrote:<br>
<br>
&gt; I can&#39;t found the command for clearing out the eprint_rindex table or the item with error.<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you<br>
&gt;<br>
&gt; Regards,<br>
&gt; Agung<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Oct 22, 2015 at 6:30 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Yes, clearing just the items with errors should be enough.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Adam Field<br>
&gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; EPrints Services<br>
&gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 22 Oct 2015, at 12:26, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt; Ok Adam, I will try your suggest.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Or maybe I only clear the item that have the problem?<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On Thu, Oct 22, 2015 at 5:29 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; Issues with PDF files may be reported to the error log when EPrints gets them converted to text for indexing, and I wouldn&#39;t worry to much about that (though if you know which pdf files are causing the errors, perhaps you should inspect them and make sure the open successfully).  I&#39;m not sure about the duplicate primary key issue.  You could try clearing out the eprint__rindex table (it&#39;s all automatically generated) and then reindexing your whole repository.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; Adam Field<br>
&gt; &gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; &gt; EPrints Services<br>
&gt; &gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; On 21 Oct 2015, at 12:33, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; I already try command bin/epadmin reindex sir eprint 292 --verbose --verbose and below is the result. It&#39;s too long, and I cut when error show up.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; .......<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; DBD::mysql::st execute failed: Duplicate entry &#39;documents--292&#39; for key &#39;PRIMARY&#39; at /usr/share/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/Database.pm line 1287.<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__rindex` (`eprintid`,`field`,`word`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Database execute debug: INSERT INTO `eprint__index_grep` (`eprintid`,`fieldname`,`grepstring`) VALUES (?,?,?)<br>
&gt; &gt; &gt; Indexed item: eprint/292<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; It&#39;s still error about Duplicate entry, but there is still error like &quot;illegal character&quot;, &quot;Error: Restoring state when no valid states to pop&quot;, &quot;Error: Missing or invalid &#39;Bounds&#39; entry in stitching function&quot;, &quot;Error: PDF file is damaged - attempting to reconstruct xref table...&quot;, &quot;Error: Expected the optional content group list, but wasn&#39;t able to find it, or it isn&#39;t an Array&quot;, and &quot;Error: Bad annotation destination&quot;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Thank you<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; &gt; Agung<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; On Wed, Oct 21, 2015 at 4:18 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; This won&#39;t fix the problem, it will just gather more information.<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; Adam Field<br>
&gt; &gt; &gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; &gt; &gt; EPrints Services<br>
&gt; &gt; &gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; On 21 Oct 2015, at 10:16, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; If after I reindex that error item, and the problem still exist, what I must to do? is there any step that I must to do?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; my hardware spec :<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; ProLiant ML150 G5<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; RAM 6GB<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Agung<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; On Wed, Oct 21, 2015 at 4:11 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Yes, that should be fine.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; What&#39;s the hardware spec of your server?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Adam Field<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; EPrints Services<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; On 21 Oct 2015, at 10:01, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; but the process very slow. my item only 1330, and it take about 1 day. Is there any problem with my indexer process? or maybe my RAM not enough? But, I will try it<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Btw, is it ok if I only reindex that item got error? using bin/epadmin reindex sir eprint 603 --verbose --verbose ?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Regards,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Agung<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Wed, Oct 21, 2015 at 3:41 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Try running:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; bin/epadmin reindex sir eprint --verbose --verbose<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Two &#39;verbose&#39; flags will increase the verbosity and show you the mysql query that&#39;s failing here.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Adam Field<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; EPrints Services<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On 21 Oct 2015, at 00:32, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I&#39;m running EPrints 3.3.12. I already check using phpmyadmin and it&#39;s okay. Or maybe I must running mysqlcheck from command line?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Is it possible to solve this error one by one, or the item must be reindex or maybe any other way?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; thank you<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On Tue, Oct 20, 2015 at 5:25 PM, Field A.N. &lt;<a href="mailto:af05v@ecs.soton.ac.uk">af05v@ecs.soton.ac.uk</a>&gt; wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; What version of EPrints are your running?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; It looks like a database issue of some kind.  Have you tried running mysqlcheck?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Adam Field<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Business Relationship Manager and Community Lead<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; EPrints Services<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; <a href="tel:%2B44%20%280%2923%208059%208814" value="+442380598814">+44 (0)23 8059 8814</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; On 20 Oct 2015, at 01:30, Ajunk Pracetio wrote:<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Yesterday I running command bin/epadmin reindex sir eprint --verbose<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; and I get a few like :<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; DBD::mysql::st execute failed: Duplicate entry &#39;documents--604&#39; for key &#39;PRIMARY&#39; at /usr/share/eprints3/bin/../perl_lib/EPrints/Database.pm line 1287.<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Error (96): Illegal character &#39;}&#39;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Error: Missing or invalid &#39;Bounds&#39; entry in stitching function<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; How I can fix this error?<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; thank you<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Life isn&#39;t valuable if you don&#39;t have someone to care<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** Options: <a href="http://mailman.ecs.soton.ac.uk/mailman/listinfo/eprints-tech" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.ecs.soton.ac.uk/mailman/listinfo/eprints-tech</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** Archive: <a href="http://www.eprints.org/tech.php/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.eprints.org/tech.php/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** EPrints community wiki: <a href="http://wiki.eprints.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://wiki.eprints.org/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** EPrints developers Forum: <a href="http://forum.eprints.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://forum.eprints.org/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** Options: <a href="http://mailman.ecs.soton.ac.uk/mailman/listinfo/eprints-tech" rel="noreferrer" target="_blank">http://mailman.ecs.soton.ac.uk/mailman/listinfo/eprints-tech</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** Archive: <a href="http://www.eprints.org/tech.php/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.eprints.org/tech.php/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** EPrints community wiki: <a href="http://wiki.eprints.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://wiki.eprints.org/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; *** EPrints developers Forum: <a href="http://forum.eprints.org/" rel="noreferrer" target="_blank">http://forum.eprints.org/</a><br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>
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